Nowennie towarzyszyła peregrynacja kopii obrazu Matki Bożej Częstochowskiej w wizerunku poświęconym przez Piusa XII przy okazji pobytu Prymasa w Rzymie w maju 1957 r. Mimo wielu trudności stawianych przez komunistów Obraz Nawiedzenia do 1966 r. peregrynował po dziesięciu polskich diecezjach. Kopia jasnogórskiego wizerunku Matki Bożej - a po jego uwięzieniu (od 2 września 1966 r.) same ramy obrazu - wędrowała nadal po wszystkich polskich diecezjach. W poszczególnych uroczystościach brali udział przedstawiciele Episkopatu i wielotysięczne rzesze pielgrzymów.

Ukoronowaniem koncepcji Prymasa było oddanie przez Episkopat całej Polski w macierzyńską niewolę Maryi za wolność Kościoła w Ojczyźnie i w świecie, dokonane na Jasnej Górze 3 maja 1966 r. z okazji Millennium chrztu Polski. Wzięło w nim udział kilkaset tysięcy pielgrzymów.

Bardzo istotną pomocą dla Prymasa w organizacji tych szeroko zakrojonych, ogólnopolskich uroczystości był założony 3 maja 1957 r. Instytut Prymasowski Ślubów Narodu na Jasnej Górze (dziś Instytut Prymasowski), wywodzący się z kręgu „ósemek”, powołanego w 1942 r. przez Marię Okońską i Stefana Wyszyńskiego. Z kolei w 1969 r. Prymas powołał do istnienia Ruch Pomocników Maryi Matki Kościoła. Jego członkowie mieli nieść pomoc Kościołowi przez modlitwę i czynne apostolstwo.

Kard. Wyszyński w czasie Wielkiej Nowenny spotykał się nie tylko z przeciwdziałaniem władz komunistycznych, lecz także z oporem znacznej części tzw. katolików postępowych, którzy inaczej widzieli przyszłość polskiego katolicyzmu. Formułowali oni postulat „pogłębienia intelektualnego” i promowali wizję Kościoła elitarnego. Wśród tych kręgów inteligencji katolickiej a także części duchowieństwa negatywne komentarze wywoływała peregrynacja obrazu Matki Bożej ze względu na jej „ludowy charakter”, a szczególnie napisany przez Prymasa akt oddania się w niewolę Maryi za wolność Kościoła w Polsce i świecie. Wielu zamiast o niewoli wolało mówić o oddaniu się w opiekę Maryi. Koncepcję Prymasa popierał natomiast abp Karol Wojtyła, który bronił go na forum Episkopatu. Wygłosił przemówienie, w którym tłumaczył, że zaproponowane przez kard. Wyszyńskiego dobrowolne oddanie się w niewolę Maryi, zawierzenie Jej życia swojego i narodu było w istocie aktem duchowej wolności, aktem religijnym, ale także moralnym, dającym siły do życia w narzuconym systemie.

Ks. Bronisław Piasecki, były kapelan prymasa Wyszyńskiego wspomina, że Prymas miał „ulubiony obraz Matki Bożej, który zawsze woził ze sobą, kiedykolwiek był w podróży i dokądkolwiek jechał. Prymas siedział z tyłu, a Matka Boża przed Prymasem na pierwszym siedzeniu”.

Choć Prymas był przekonany o szczególnej roli Jasnej Góry, gdzie przybył ponad 600 razy, to często pielgrzymował po licznych innych polskich sanktuariach maryjnych, przyczyniając się do rozwoju kultu maryjnego. W sumie koronował 41 i rekoronował 6 wizerunków Matki Bożej.

Maryja Matką Kościoła

Kard. Wyszyński aktywnie uczestniczył w pracach II Soboru Watykańskiego, wzbogacając jego obrady m.in. swoją refleksją mariologiczną. Zabierał głos na dziesięciu sesjach generalnych, między innymi w sprawie tekstu o Matce Bożej. Proponował przesunięcie go do II rozdziału konstytucji o Kościele oraz uznanie duchowego macierzyństwa Maryi wobec Kościoła, łącznie z przyjęciem tytułu „Matka Kościoła”. W imieniu całego polskiego Episkopatu złożył na ręce Pawła VI memoriał, prosząc o ogłoszenie Maryi Matką Kościoła. Paweł VI, przychylny tej propozycji sprawił, że chociaż tytuł ten nie znalazł się w dokumentach soborowych, to na zakończenie III sesji Soboru, 21 listopada 1964 r. uroczyście ogłosił Maryję Matką Kościoła.

Kolejne działania Prymasa wiązały się z prośbą do papieża o powierzenie opiece Maryi całego świata. Prymas w imieniu polskich biskupów prosił Pawła VI w 1968 r., aby we wspólnocie biskupów całego Kościoła, poświęcił świat Matce Bożej i ogłosił święto Matki Kościoła. Stolica Apostolska w 1971 r. wydała dekret pozwalający na obchodzenie tego święta w Polsce. Pierwszy raz święto Matki Kościoła obchodzono w poniedziałek po Zesłaniu Ducha Świętego 1971 r. W tym też roku Episkopat Polski zwrócił się do biskupów całego świata, aby wprowadzono to święto w całym Kościele. W 1974 r. Prymas wraz z kard. Wojtyłą ponownie przekazali tę prośbę Pawłowi VI. W odpowiedzi na to papież zawierzył świat Matce Bożej 8 grudnia 1975 r.

Na prośbę kard. Wyszyńskiego papież Paweł VI zdecydował także o budowie kościoła pw. Matki Bożej Częstochowskiej w Rzymie, jako wotum za tysiąclecie chrześcijaństwa w Polsce. Kamień węgielny pod ten kościół prymas Wyszyński poświęcił 4 grudnia 1965 r. Tego samego dnia w auli soborowej został ogłoszony apel polskiego Episkopatu z prośbą o modlitwę za Polskę i zaproszenie na uroczystości milenijne. Po czym z inicjatywy Episkopatu ofiarowano ojcom soborowym 2400 kopii obrazu Matki Bożej Częstochowskiej.

Ostatnie lata życia

Ostatnim maryjnym programem duszpasterskim ustanowionym z inicjatywy kard. Wyszyńskiego były przygotowania do obchodów 600-lecia obecności obrazu Matki Bożej na Jasnej Górze (1382–1982). Na jego prośbę Episkopat ogłosił sześcioletni program przygotowania do tego jubileuszu. Sześć lat przygotowań do jubileuszu Prymas nazwał „latami wdzięczności za sześć wieków obecności obrazu Matki Bożej Częstochowskiej w Polsce, za łaski wyproszone w Jej sanktuarium jasnogórskim”. Był to ostatni jego program duszpasterski, którego zakończenia nie doczekał.

Przypieczętowaniem maryjnej drogi prymasa Stefana Wyszyńskiego były jego słowa na łożu śmierci, wygłoszone 16 maja 1981 r.: „Jestem całkowicie uległy woli Ojca i woli Syna, który sam jeden ma wieczne kapłaństwo i je przydziela oraz przekazuje innym. Jestem uległy wobec Ducha Świętego, dlatego, że moje życie wewnętrzne było w Trójcy Świętej. I jestem ufny wobec Matki Najświętszej, z którą się związałem w więzieniu w Stoczku i wszystko przez Jej dłonie składałem na chwałę Trójcy Świętej”.

Kard. Franciszek Macharski podsumowując dorobek Prymasa Tysiąclecia podczas obrad Konferencji Episkopatu w czerwcu 1981 r. powiedział m.in., że „źródłem siły duchowej zmarłego Prymasa było zawierzenie Matce Najświętszej, czego nie ukrywał, we wszystkim bowiem postawił na Maryję”.