W swej tysiącletniej historii kościół św. Bartłomieja na Wyspie był wielokrotnie przebudowywany, szczególnie po strasznej powodzi, która w 1557 r. uszkodziła budynek - w 1624 r. został odbudowany w stylu barokowym przez Orazio Torrianiego; z tego okresu pochodzi fasada z portykiem. Średniowiecznym akcentem pozostała jedynie romańska dzwonnica z XII wieku, która wznosi się po lewej stronie fasady.

Skarby bazyliki św. Bartłomieja na Wyspie

We wnętrzu bazyliki warto zwrócić uwagę na marmurową cembrowinę studni, która znajduje się na schodach prowadzących do prezbiterium. Pochodzi ona z pierwszego kościoła i wzniesiono ją na źródle, które uchodziło za cudowne. Cembrowina udekorowana jest czterema płaskorzeźbami przedstawiającymi zmartwychwstałego Chrystusa, apostoła Bartłomieja, Ottona III i św. Wojciecha (niektórzy naukowcy uważają, że jest to najstarszy wizerunek świętego). Relikwie św. Bartłomieja przechowywane są w starożytnej wannie z porfiru, na której spoczywa biała marmurowa mensa głównego ołtarza. Relikwie św. Wojciecha natomiast znajdują się w kaplicy po lewej stronie od absydy. W 1976 r. wyburzono jej dawny ołtarz, zastępując go nowym, w którym umieszczono relikwiarz świętego w postaci artystycznie wykonanej metalowej skrzyneczki.
W 1993 r. bazylika została powierzona włoskiej Wspólnocie św. Idziego. Natomiast od 1999 r. w lokalach przykościelnych działała Komisja „Nowi Męczennicy”. Jan Paweł II powołał ją do życia w ramach przygotowań do Wielkiego Jubileuszu Roku 2000. Oto, co napisał Papież w bulli „Incarnationis mysterium”, ogłaszającej Jubileusz: „Świadectwem prawdy chrześcijańskiej miłości - zawsze czytelnym, dziś jednak szczególnie wymownym - jest pamięć o męczennikach. Niech ich świadectwo nie będzie zapomniane. Głosili oni Ewangelię, oddając życie dla miłości. Zwłaszcza w naszej epoce męczennik jest znakiem owej największej miłości, w której zawierają się wszystkie inne wartości. (...) W ciągu dwóch tysięcy lat od narodzenia Chrystusa zawsze obecne było świadectwo męczenników. Także nasze stulecie, zbliżające się ku końcowi, wydało bardzo wielu męczenników, którzy ponieśli śmierć przede wszystkim jako ofiary nazizmu i komunizmu oraz walk rasowych i plemiennych. Ludzie z wszystkich warstw społecznych cierpieli za wiarę, płacąc krwią za przynależność do Chrystusa i do Kościoła lub znosząc odważnie wieloletnie więzienia i różnorakie udręki, aby nie poddać się naciskom ideologii, która przerodziła się w bezlitosną dyktaturę. Z psychologicznego punktu widzenia męczeństwo jest najwymowniejszym dowodem prawdziwości wiary, która może nadać ludzkie oblicze nawet najbardziej gwałtownej śmierci i ujawnia swe piękno podczas najokrutniejszych prześladowań”. Owocem pracy Komisji, która przez dwa lata działała przy bazylice św. Bartłomieja, było przygotowanie ponad 12 tys. akt dotyczących męczenników i świadków wiary naszych czasów. Postanowiono, że po zakończeniu Roku Świętego bazylika stanie się ich sanktuarium, gdzie będą gromadzone relikwie i pamiątki po nich.
12 października 2002 r. miała miejsce uroczystość ekumeniczna z udziałem kardynałów Ruiniego, Kaspera i George’a oraz prawosławnego patriarchy Rumunii Teoctista, podczas której w głównym ołtarzu świątyni zawieszono i poświęcono olbrzymią ikonę męczenników XX wieku. Relikwie i pamiątki po męczennikach i świadkach wiary natomiast zaczęto umieszczać w bocznych kaplicach według następującego klucza: w pierwszej kaplicy prawej nawy - męczennicy i świadkowie wiary z Azji, Oceanii i Bliskiego Wschodu, w drugiej - z Ameryki, w trzeciej - ofiary reżymów komunistycznych; lewa nawa: w pierwszej kaplicy - męczennicy z Afryki, w drugiej - z Hiszpanii i Meksyku, w trzeciej - ofiary nazizmu.
W kaplicach bazyliki możemy zobaczyć m.in.: list br. Christiana de Chergé’a, trapisty z klasztoru Notre-Dame de l’Atlas w Algierii, zabitego wraz ze współbraćmi przez fundamentalistów islamskich; uszkodzony krucyfiks, który ocalał ze spalonego przez komunistów w czasie hiszpańskiej wojny domowej kościoła Sant Marti de Palafrugell; list bł. Franza Jägerstättera, austriackiego katolika, który za odmowę służby w hitlerowskim wojsku został stracony w 1943 r.; relikwię bł. kard. von Galena, biskupa Münsteru, opozycjonistę reżymu nazistowskiego; puszkę z komunikantami do potajemnego odprawiania Mszy św., używaną przez księży przetrzymywanych w więzieniu w Szkodrze w komunistycznej Albanii; różaniec prawosławnego kapłana Aleksandra Mienia, zabitego w 1990 r. w Moskwie; mszał bp. Oscara Romero, arcybiskupa San Salvadoru, zabitego przy ołtarzu podczas Mszy św. 24 marca 1980 r.; kielich, patenę i stułę ks. Andrei Santora, rzymskiego kapłana „fidei donum”, zabitego w kościele podczas modlitwy w tureckim mieście Trabzon 5 lutego 2006 r.
Od 19 października 2012 r. w bazylice znajdują się także relikwie trojga polskich błogosławionych: ks. Jerzego Popiełuszki, Karoliny Kózkówny, Stanisława Starowieyskiego.

Pamiętać, żeby lepiej żyć

Jan Paweł II w homilii wygłoszonej w Koloseum z okazji ekumenicznego wspomnienia męczenników, świadków wiary XX wieku, nalegał: „Niech w rozpoczętym niedawno stuleciu i tysiącleciu pozostanie żywa pamięć o tych wszystkich naszych braciach i siostrach. Więcej - niech wzrasta! Niech będzie przekazywana z pokolenia na pokolenie, aby zaowocowała głęboką chrześcijańską odnową! Niech będzie strzeżona niczym skarb niezmierzonej wartości dla chrześcijan nowego tysiąclecia i niech stanie się zaczynem pełnej jedności wszystkich uczniów Chrystusa!”. Umieszczenie relikwii trzech polskich błogosławionych w rzymskim sanktuarium jest poniekąd spełnieniem tego papieskiego życzenia. Polacy przybywający do Rzymu powinni odwiedzić bazylikę św. Bartłomieja na Wyspie, gdyż świątynia ta stała się także panteonem polskich męczenników i świadków wiary XX wieku.