Św. Jakub, nie licząc Judasza, jest jedynym apostołem, którego śmierć odnotowano w Biblii. Został zabity z polecenia króla Heroda Agrypy, który poprzez tego typu gesty chciał zaskarbić sobie przychylność faryzeuszów i żydowskich starszych. W ramach tej polityki skazał m.in. 16 strażników, którzy nie zdołali upilnować św. Piotra. Stąd też niektórzy wnioskują, że aby podkreślić swą wierność dla judaizmu, mógł zakazać pochowania św. Jakuba. Ówczesne prawo pozostawiało bowiem władcy decyzję o losie szczątków skazanego. W poważnych przypadkach rządzący mieli w zwyczaju zakazać ceremonii pogrzebowych. Chrześcijanie zrobili jednak z pewnością wszystko, by wykupić ciało, a następnie godnie je pochować, nawet jeżeli musieli wywieść je w miejsce znajdujące się poza jursysdykcją Heroda, a nawet z dala od realnego zasięgu prawa rzymskiego.

Starożytne dokumenty mówią o różnych miejscach, gdzie zawieziono ciało Jakuba. Wspomina się m.in. Marmarykę, dziś miedzy Egiptem i Libią, czy Armorykę, na północnych wybrzeżach starożytnej Galii. Żyjący na przełomie VI i VII w. Izydor z Sewilli zaświadczył o działalności apostoła w Hiszpanii i o pochowaniu go tam. Co ciekawe archeolodzy i historycy ustalili, że hiszpańska Galicja w VI wieku miała już 134 wsie z kościołami zorganizowane w 13 diecezji, podczas gdy na pozostałym rozległym pasie lądu tworzącym wybrzeże kantabryjskie przez cały okres Wizygotów nie istniała ani jedna stolica biskupia. Grób Apostoła musiał być jednak ukrywany przez wieki, najpierw ze względu na prześladowania chrześcijan, czy to w Imperium, czy to w czasach królów barbarzyńskich. Innym powodem była ekspansja Arabów. Do ujawnienia grobu doszło w dziewiątym wieku – najpierw sprawę zbadał biskup Irii, który po potwierdzeniu wiarygodności tradycji, poinformował króla Alfonsa II. Od tego czasu napływ pielgrzymów do sanktuarium nie ustaje.