Następnie rządy te zostały przekazane niemieckiej władzy cywilnej. Z czasem terytorium diecezji znalazło się w strefie wpływów trzech różnych jednostek administracji hitlerowskiej. Obszar północno-wschodni diecezji został włączony do Generalnego Gubernatorstwa (66 placówek duszpasterskich). Natomiast tereny południowe weszły w skład Okręgu Górnego Śląska (75 placówek duszpasterskich). Z kolei pozostałą cześć północno-zachodnią diecezji przyłączono do Kraju Warty (62 placówki duszpasterskie).
We wszystkich tych ośrodkach religijnych nieustanną działalność duszpasterską prowadzili miejscowi duchowni. Przez to zostali oni objęci represjami ze strony hitlerowców. Już w pierwszym dniu okupacji aresztowano i torturowano dwóch księży z Parzymiech: ks. Bonawenturę Metlera (proboszcza) i ks. Józefa Daneckiego (wikariusza). Następnego dnia ich zamordowano. Podobnie postąpiono z ks. Ignacym Chartlińskim, proboszczem Działoszyna. Zginął on godzinach rannych 2 września 1939 r.
Prześladowania duchowieństwa nasilały się z każdym dniem. Niektórzy kapłani byli eksmitowani z mieszkań plebanijnych, innym znowu konfiskowano całe mienie. W końcu 9 listopada 1939 r. władze okupacyjne przeprowadziły zorganizowaną akcję aresztowania księży. Wówczas spośród aresztowanych aż siedmiu kapłanów zostało osadzonych w więzieniu w Radogoszczy koło Łodzi. Byli to: ks. Józef Bartecki, ks. Władysław Derbis, ks. Bolesław Lis, ks. Jan Massalski, ks. Wincenty Przygodzki, ks. Franciszek Szuba i ks. Wincenty Śliwiński. Jednak po dwóch miesiącach wszyscy oni zostali zwolnieni.

Prześladowanie duchowieństwa w Generalnym Gubernatorstwie

W porównaniu z pozostałymi terenami diecezji częstochowskiej prowadzona tutaj działalność duszpasterska odbywała się w nieco łagodniejszych warunkach. Właśnie w tej części diecezji rezydował bp Teodor Kubina i starały się prowadzić działalność ważniejsze instytucje diecezjalne. Warto zaznaczyć, iż biskup w tym czasie mógł osobiście przeprowadzać wizytacje kanoniczne. Podczas takich odwiedzin zachęcał on miejscowych duszpasterzy, aby nie prosili oni o zmianę placówki kościelnej, bowiem taka procedura administracyjna nie spotykała się z przychylnością okupanta. Także obecność niektórych księży w instytucjach dobroczynnych była nietolerowana przez władze niemieckie. W takich okolicznościach zostało usuniętych z Polskiego Komitetu Opiekuńczego w Częstochowie dwóch duchownych: ks. Klemens Gawlikowski i ks. Wojciech Mondry.
Niektórzy kapłani ponieśli ciężkie konsekwencje za przychodzenie z pomocą częstochowskim Żydom. W 1943 r. własnym życiem przypłacił to ks. Teodor Popczyk, który został zastrzelony przez niemieckich żołnierzy na plebanii parafii św. Barbary w Częstochowie. Z tego samego powodu rok później został dotkliwie pobity przez funkcjonariuszy gestapo ks. Bolesław Wróblewski, proboszcz katedry częstochowskiej. Podczas tego zajścia ucierpiała także jego siostra, która na skutek obrażeń w przeciągu trzech dni zmarła.
Ponadto hitlerowcy nieustannie podejrzewali miejscowe duchowieństwo o udział w podziemnym ruchu oporu. Z tego tytułu dochodziło do mordowania kapłanów na placówkach kościelnych i więzienia ich w obozach koncentracyjnych. Zdarzały się też ciężkie pobicia księży. W ten sposób z terenów wchodzących w skład Generalnego Gubernatorstwa zamordowano ośmiu księży, w tym aż sześciu z nich poniosło śmierć w obozach koncentracyjnych (Gross Rosen, Nordhausen i Oświęcim). Innymi formami represji zostało objętych jeszcze 14 duchownych. Dla przykładu ks. Wawrzyniec Kowalski z parafii Lgota Wielka został tak pobity przez jednego z miejscowych żandarmów, że stracił niemal 50 proc. zdrowia. Zmarł zaraz po wojnie.

Prześladowanie duchowieństwa w Okręgu Górnego Śląska

W tym obszarze diecezji częstochowskiej hitlerowcy prowadzili nieco bardziej zaostrzoną politykę wobec Kościoła katolickiego. Szczególny nacisk położyli oni na germanizację miejscowych wiernych. Stąd, jak zaznacza ks. prof. Jan Związek, „dumnie brzmiały oświadczenia przedstawicieli władzy okupacyjnej, że na terenie Górnego Śląska nie ma miejsca dla kapłanów myślących i działających w duchu polskim”. Trzymając się tych założeń, w pierwszej kolejności przystąpiono do szczegółowej obserwacji kapłanów. Przede wszystkim zwracano wówczas uwagę na ich działalność narodową, z uwzględnieniem wpływu na miejscową ludność i używania języka podczas sprawowanej liturgii. Oprócz tego przyglądano się bacznie, czy czasem nie łamią oni obowiązujących zarządzeń państwowych.
Od 1941 r. władze niemieckie zakazały bp. Kubinie przeprowadzania jakichkolwiek wizytacji parafii na tym terenie. Ponadto wprowadzono znaczne utrudnienia przy kontaktowaniu się pracującego tam duchowieństwa z władzą diecezjalną. Z czasem także śledzono księży pod kątem współpracy z ruchem oporu.
Pomimo tak rygorystycznych warunków, wielu kapłanów podejmowało inicjatywy patriotyczne i to dość na szeroką skalę. Toteż ośmiu z nich poniosło śmierć, w tym większość w obozach koncentracyjnych. Wśród nich był ks. Bolesław Wajzler z Zawiercia, którego posądzono o działalność konspiracyjną. Poza tym jedenastu księży było więzionych. Przeważnie przebywali oni w obozie koncentracyjnym w Dachau. W 1945 r. zostali wszyscy ci duchowni uwolnieni. Oprócz tego wielu księży było zmuszonych opuścić teren Górnego Śląska z obawy przed aresztowaniem. Głównie udawali się wtedy na terytorium Generalnego Gubernatorstwa, gdzie przebywali już do końca wojny.

Prześladowanie duchowieństwa w Kraju Warty

Stosunkowo najwięcej szykan ze strony okupanta przeżyło duchowieństwo na terenie Kraju Warty. Pomimo tego kapłani ci nieustannie trwali na swoich placówkach duszpasterskich. Było to jednak nie na rękę władzom Rzeszy. Z tego powodu podejmowały one różne środki represji (m.in.: brak pensji, eksmisja z plebanii), lecz postawa duchowieństwa nie ulegała zmianie. O ich nieugiętym zachowaniu świadczą chociażby słowa ks. Józefa Barczyka (proboszcz w Radostowie), który po latach wspominał: „Trzeba byłoby być bez serca, aby opuszczać lud polski, który już tylko w Bogu widział ratunek dla siebie”. Wobec tego w dniu 6 października 1941 r. żandarmeria niemiecka przygotowała zorganizowaną akcję aresztowania wszystkich księży z tego terenu (55 osób). Następnie przewieziono ich do obozu przejściowego w Konstantynowie koło Łodzi. Z czasem uwolniono tam pięciu kapłanów: ks. Wacława Chrzanowskiego, ks. Zenona Cwilonga, ks. Stefana Stoińskiego, ks. Franciszka Wtorkiewicza i ks. Hipolita Zielińskiego. Pozostałych zaś księży po trzech tygodniach pociągami przewieziono do obozu koncentracyjnego w Dachau. W tej części diecezji pozostawiono jedynie dwóch księży, którzy otrzymali pozwolenie na pracę duszpasterską. Byli nimi ks. Józef Kubica i ks. Józef Pruchnicki.
W okrutnych warunkach życia obozowego śmierć poniosło 37 kapłanów z diecezji częstochowskiej. Wśród nich byli m.in.: ks. Maksymilian Binkiewicz (nr obozowy 28 450) i ks. Ludwik Roch Gietyngier (nr obozowy 28 288), którzy zostali ogłoszeni błogosławionymi przez papieża Jana Pawła II w dniu 13 czerwca 1999 r. w Warszawie. Reszcie księży (18 osób) udało się przeżyć pobyt obozowy.
Teraz, patrząc na to wszystko z perspektywy czasu, można powiedzieć, iż kapłani diecezji częstochowskiej zdali egzamin wierności wobec Boga i Ojczyzny podczas okupacji hitlerowskiej. Krew ich, podobnie jak krew biblijnego Abla, woła do współczesnego człowieka, aby nie zapomnieć o ich męczeństwie. Wyraźnie zaapelował o to także papież Jan Paweł II, który w 1998 r. napisał: „Świadectwem prawdy chrześcijańskiej miłości - zawsze czytelnym, dziś jednak szczególnie wymownym - jest pamięć o męczennikach. Niech ich świadectwo nie będzie zapomniane. Głosili oni Ewangelię, oddając życie dla miłości. Zwłaszcza w naszej epoce męczennik jest znakiem owej największej miłości, w której zawierają się wszystkie inne wartości” (bulla „Incarnationis mysterium”).

* * *

„[…] męczeństwa ich w rozmaity sposób dobiegały do końca. Z różnobarwnych bowiem i różnorodnych kwiatów jeden wili wieniec i Ojcu go w darze nieśli. Słusznie zupełnie szermierze bohaterscy, którzy stoczyli tak różnorodne walki i tak świetne odnieśli zwycięstwa, odebrali wspaniałą nieśmiertelności koronę”.
Euzebiusz z Cezarei, „Historia kościelna”, tłum. A. Lisiecki, Poznań 1924, s. 202.