Po upadku Związku Radzieckiego ks. Andrzej udał się na Ukrainę w 1993 r., by podjąć pracę w odradzającym się tam Kościele rzymskokatolickim. Rozpoczął ją w sanktuarium maryjnym w Latyczowie, na terenie wskrzeszonej diecezji Kamieniec Podolski. Na krótko. Ówczesny biskup Jan Olszański powierzył mu zajęcia w nowo założonym Seminarium Duchownym w Gródku Podolskim. Jako specjalista od katechetyki podjął te właśnie zajęcia, powierzono mu ponadto troskę o powołania kapłańskie. W ciągu paru lat organizował spotkania z potencjalnymi kandydatami w seminarium i wakacyjną ich formację w Karpatach, w wynajmowanych tam domach.
W czasach komunizmu katecheza dzieci i młodzieży była surowo zabroniona. Po rozpadzie ZSRR potrzebą niezwykle palącą stało się katechizowanie młodego pokolenia. Wskrzeszona diecezja nie była przygotowana do tych zadań. Katechezie więc poświęcił ks. Andrzej najwięcej troski i ogrom wysiłku. Uwrażliwiał najpierw kleryków na jej potrzebę, przygotowywał ich przez wykłady i wdrażał poprzez ćwiczenia praktyczne prowadzone na katechezie dzieci przy miejscowej parafii. Widząc brak programu katechetycznego na Ukrainie, zaczął myśleć o jego przygotowaniu. Znając tamtejsze realia wiedział, że nie należy przeszczepiać tu żadnego z programów zachodnich. Opracował więc program katechizacji od I do XI klasy w oparciu o świeżo wydany Katechizm Kościoła Katolickiego. Program ten przedstawiony biskupom, został zatwierdzony dla wszystkich diecezji rzymskokatolickich Ukrainy. Brakowało także pomocy dla katechetów i dla dzieci. W ramach ćwiczeń seminaryjnych zlecał klerykom opracowywanie poszczególnych katechez, które z kolei sam korygował i uzupełniał, z myślą o upowszechnieniu ich w przyszłości.
Ponieważ w parafiach katechizację dzieci i młodzieży podejmowały także siostry zakonne, a nawet osoby świeckie, zazwyczaj bez należytego przygotowania, zaczął myśleć o ich kształceniu. I tak zrodził się Instytut Katechetyczny, mający oparcie lokalowe najpierw o Seminarium Duchowne i pomieszczenia parafii gródeckiej. Zajęcia odbywały się w czasie ferii świątecznych i w wakacje. Inicjatywę poparli profesorowie Seminarium i oni byli najpierw wykładowcami. Inicjatywą i zasługą ks. Andrzeja było przeprowadzenie afiliacji Seminarium Duchownego w Gródku do Uniwersytetu Lateranum w Rzymie. Zaistniała też możliwość afiliacji Instytutu Katechetycznego do Instytutu Nauk Religijnych istniejącego przy Uniwersytecie Lateranum. Przyjął więc rzymski program kształcenia, uzyskał zatwierdzenie i w ten sposób Instytut Katechetyczny stał się Instytutem Nauk Religijnych złączonym z Instytutem Nauk Religijnych przy Uniwersytecie Lateranum w Rzymie.
Gdy władze Gródka zwróciły diecezji dawny budynek poklasztorny, ks. Andrzej dostrzegł w tym opatrznościowy znak, by przejąć budynek dla Instytutu. Biskup wyraził zgodę. Budynek wymagał gruntownego remontu, nie było funduszów. Powierzając sprawę Bożej Opatrzności, podjął trudne zadanie zdobycia funduszy i przeprowadzenia prac remontowych i przystosowania domu dla celów instytutowych. Zabiegał o fundusze w Polsce, w Kirche in Not w Niemczech, we Włoszech. Dzięki tym zabiegom i ciągłemu osobistemu nadzorowaniu prac powstał okazały, jak na warunki ukraińskie, doskonale wykończony dwupiętrowy budynek, w którym mieszczą się pokoje dla kilkudziesięciu osób, kilka sal wykładowych, kaplica, kuchnia z zapleczem, piekarnia, jadalnia.
Instytut Nauk Religijnych otrzymał także aprobatę władz ukraińskich. Studia trwają 5 lat. Odbywają się w formie tygodniowych sesji gromadzących kilka razy w roku kolejno poszczególne roczniki. Niektóre sesje są łączone. Studia są bezpłatne; studenci, których na to stać, pokrywają w formie drobnych składek koszty gazu i wody, wielu przywozi ze sobą różne produkty dla kuchni. Ks. Andrzej wprowadził specjalizacje z katechetyki, poradnictwa rodzinnego, muzykologii, a nawet dziennikarstwa. Przywiązywał dużą wagę nie tylko do samego kształcenia, ale i do formacji religijnej studentów. Całodzienne zajęcia kończyły się Mszą św., a po kolacji pogodnym, integracyjnym wieczorem.
Do prowadzenia zajęć oprócz profesorów miejscowego Seminarium umiał pozyskać wielu dojeżdżających bezinteresownie specjalistów z Polski, księży i świeckich, zatrudniał osoby z Ukrainy te, które ukończyły studia na KUL. Skupił wokół Instytutu grono oddanych i bliskich współpracowników. Przez studia przewinęło się już paręset osób z różnych rejonów Ukrainy. Nie wszyscy je ukończyli. Stawiał wymagania. Wiele z tych osób prowadzi katechizację przy parafiach, a w tych regionach Ukrainy, gdzie wprowadzono etykę, wiele osób uczy jej w szkole. W oparciu o to nowe środowisko ukończył opracowanie katechez dla klas I-XI i przygotował wiele pomocy dla młodszych dzieci. Zorganizował małą poligrafię i pomoce te wydawał w Instytucie w językach: polskim, ukraińskim i rosyjskim. Zaopatrzyła się w nie większość ukraińskich parafii i katechetów. Są cenioną pomocą. Utrzymywał kontakt z centrum katechetycznym przy Stolicy Apostolskiej i uczestniczył w organizowanych co roku międzynarodowych sympozjach katechetycznych jako przedstawiciel Ukrainy. Na tle wkładu ks. Andrzeja w rozwój katechezy na Ukrainie widać, jak wielką stratą dla Kościoła jest jego śmierć.