Przyszły misjonarz i sinolog urodził się 3 października 1951 roku w Bytowie na Kaszubach. W 1969 wstąpił do Zgromadzenia Słowa Bożego i rozpoczął studia filozofii i teologii w seminarium duchownym w Pieniężnie, a w 1972 również na Katolickim Uniwersytecie Lubelskim. Już w okresie seminaryjnym zainteresował się religioznawstwem, zwłaszcza azjatyckim publikując w kościelnych i świeckich pismach naukowych, np. „Collectanea Theologica”,„Przegląd Orientalistyczny”, „Chrześcijanin w świecie”, „W drodze”, „Przewodnik Katolicki”. W 1976 obronił na KUL-u pracę magisterską nt. tenri-kyo – nowej religii Japonii. W tym samym roku w Pieniężnie przyjął święcenia kapłańskie.

Przełożeni zakonni wysłali go do pracy naukowej w sinologicznym Instytucie Monumenta Serica w Sankt Augustin koło Bonn. Na Uniwersytecie Bońskim odbył studia w zakresie religioznawstwa, historii Kościoła oraz sinologii i japonistyki, uzyskując doktorat (1984) i habilitację (2002) z sinologii. W 1986 sam zaczął wykładać religioznawstwo i sinologię na Wydziale Filozoficzno-Teologicznym w Sankt Augustin i tam w 1998 uzyskał stopień profesora, a także na Uniwersytecie w Bonn i uczelniach zagranicznych (m.in. w innych miastach niemieckich, w Austrii, na Filipinach, Tajwanie i w Polsce).

W latach 1984-2003 o. Roman Malek był redaktorem naczelnym wydawanego w Sankt Augustin kwartalnika „China heute”, bardzo cenionego ze względu na ilość i jakość wiadomości o religiach i chrześcijaństwie w Państwie Środka. W latach 1992-2012 był dyrektorem Instytutu Monumenta Serica oraz redaktorem naczelnym wydawanej przezeń serii książkowej – „Monumenta Serica Monograph Series” (1985-2012) i pisma „Monumenta Serica. Journal of Oriental Studies” (1992-2011). Zainicjował również drugą serię książkową tegoż Instytutu – „Collectanea Serica”, którą kierował w latach 1986-2012.

W roku 1987 został pierwszym dyrektorem nowo powstałego China-Zentrum – placówki katolickiej, propagującej kontakty Kościołów Europy i Chin, którą kierował do 1998 roku. Zainicjował też powstanie Stowarzyszenia „Sinicum” im. Michała Boyma SJ w Warszawie.

Był m.in. członkiem zwyczajnym Sekcji Azjatyckiej Akademii Ambrozjańskiej w Mediolanie. autorem, współautorem, redaktorem i wydawcą kilkuset publikacji naukowych w językach angielskim, chińskim, niemieckim i polskim.

W kwietniu 2011 doznał ciężkiego udaru, który najpierw na długo unieruchomił go na wiele miesięcy. W latach 2015 i 2019 ukazały się pod jego redakcją dwa dalsze tomy obszernej serii „The Chinese Face of Jesus Christ” (Chińskie oblicze Jezusa Chrystusa). Od kwietnia 2018, po ponad 40 latach stałego pobytu za granicą, głównie w Sankt Augustin, kapłan wrócił do Polski i zamieszkał w prowadzonym przez werbistów domu misyjnym w Górnej Grupie na Pomorzu.

Miał wiele odznaczeń i nagród polskich i zagranicznych, m.in. w czerwcu 2016 przyznano mu w Sandomierzu statuetkę „Serce bez granic” Fundacji im. Kardynała Adama Kozłowieckiego za zasługi na rzecz misji oraz głoszenia „Ewangelii nadziei i miłości” i pomagania najbardziej potrzebującym.

W październiku tegoż roku, z okazji jego 65. urodzin odbyła się okolicznościowa uroczystość w Sankt Augustin, podczas której przedstawiono jego dwutomowe dzieło „Rooted in Hope: China – Religion – Christianity”.