Urodził się 19 stycznia 1931 r. w Zgłobicach pod Tarnowem. Był synem Adama Marszałkowicza (zarządcy komisarycznego Tarnowa) i Zofii z domu Turnau (był wujem Grzegorza Turnaua). W 1945 r. wraz z cała rodziną zmuszony uciec przed prześladowaniami władzy komunistycznej ze Zgłobic do Wrocławia. W 1949 r. przyjęty na Uniwersytet Wrocławski – student filologii angielskiej – później wstąpił do Wyższego Seminarium Duchownego we Wrocławiu. Nigdy nie przyjął święceń, choć do końca życia tytułowano go księdzem i pokornie nosił sutannę.

W 1959 r. został bibliotekarzem w Wyższym Seminarium Duchowym we Wrocławiu. W 1962 r. powierzono mu funkcję głównego furtiana portierni seminaryjnej. W tym czasie zetknął się z ludźmi bezdomnymi, ubogimi, a zwłaszcza alkoholikami, którzy przychodzili i prosili o wsparcie. Zainspirowany postacią św. Brata Alberta zaczął im systematycznie pomagać. Nawiązał kontakt z opieką społeczną, poradnią odwykową i szpitalem psychiatrycznym. Oprócz wsparcia żywnościowego i odzieżowego, które dostarczali mu klerycy, prowadził bezdomnych i biednych do różnych instytucji, czy szpitali. W 1971 r. po raz pierwszy wystąpił do władz Wrocławia prosząc o udostępnienie budynku na dom noclegowy, ale spotkał się z odmową. Wiosną 1981 r. był inicjatorem, a następnie współzałożycielem dzisiejszego Towarzystwa Pomocy im. św. Brata Alberta, stowarzyszenia niosącego pomoc bezdomnym przez tworzenie dla nich schronisk. Towarzystwo zostało zarejestrowane 2 listopada 1981 r. W noc Wigilii Bożego Narodzenia 1981 r., za zgodą kard. Henryka Gulbinowicza opuścił Seminarium i zamieszkał z dziesięcioma bezdomnymi w pierwszym schronisku Towarzystwa przy ul. Lotniczej we Wrocławiu. Za pośrednictwem Jerzego Marszałkowicza powstało wiele innych schronisk m.in. w Bielicach, Klisinie, Gamowie, Jasienicy Górnej, Gliwicach–Bojkowie.

Pracując w schroniskach korzystał tylko z tego, co jest dostępne mieszkańcom i nie pobierał wynagrodzenia. Był autorem licznych homilii, przemówień okazjonalnych i tekstów o tematyce bezdomności. W 2006 r. opublikował „Mój Pamiętnik – wspomnienia brata Jerzego z początku istnienia Towarzystwa Pomocy im. św. Brata Alberta”. Przez ostatnie lata mieszkał z bezdomnymi w schronisku w Bielicach.

Termin i miejsce pogrzebu podamy wkrótce.