Dzieła wypożyczone zostały z inicjatywy ordynariusza diecezji warszawsko-praskiej abp. Sławoja Leszka Głódzia. Pierwszy z czterech obrazów: Chrystus w Emaus pędzla Jana Tera Borcha (XVII w.), eksponowany jest w kaplicy Jezusa Miłosiernego, znajdującej się po lewej stronie ołtarza głównego. Znany temat religijny - spotkanie Jezusa z uczniami po Zmartwychwstaniu, Borch przedstawia w interesujący sposób. Decydującą rolę w obrazie odgrywa światło, którym artysta nie tylko modeluje postaci, ale także podkreśla przesłanie sceny. To jedno z niewielu dzieł, które pozostawił po sobie ten utrechcki malarz ze środowiska caravaggionistów. Obraz wypożyczony został do katedry praskiej w związku z przeżywanym w Kościele Rokiem Eucharystii.
W świątyni podziwiać można także Ostatnią Wieczerzę znakomitego francuskiego malarza scen religijnych i portretów Jeana Jouveneta (1644-1717). Obraz znajduje się nad tabernakulum. Jest on autorskim powtórzeniem sceny Ostatniej Wieczerzy wystawionej na paryskim salonie w 1704 r. Chociaż Jouvenet sięgnął po bardzo popularny w malarstwie temat, to nadał mu indywidualny rys widoczny w sposobie kompozycji sceny. Dzieło utrzymane jest w tradycji akademickiego francuskiego baroku. Warto zwrócić uwagę na świetne sportretowanie Apostołów w pełnej ekspresji scenie ustanowienia Eucharystii.
W kaplicy bocznej św. Antoniego, znajdującej się po prawej stronie katedry, umieszczony jest Poliptyk Bożonarodzeniowy z 1906 r. Hansa Thomy. Sześć dzieł składających się na cykl obrazowy ukazuje sceny związane z narodzeniem Pańskim. Są to kolejno od lewej: Anioł z gwiazdą betlejemską, Bóg Ojciec ze stajenką, objawienie Anioła pasterzom, Trzej Królowie w drodze do Betlejem oraz Matka Boża adorująca Dzieciątko.
Thoma był jednym z najbardziej cenionych artystów niemieckich przełomu XIX i XX w. W jego twórczości znajduje się wiele dzieł o tematyce chrystologicznej, są to głównie sceny odwołujące się do nauk i działalności publicznej Jezusa. W latach 1904-1906 Thoma wykonał cztery wersje przedstawienia z Narodzeniem Pańskim. Najbardziej znane znajduje się w kaplicy Hansa Thomy przy Kunsthalle w Karlsruhe. Kaplica została ufundowana przez Wielkiego Księcia Badenii Fryderyka I i grupuje dzieła malarza ukazujące sceny z życia Chrystusa, od narodzin aż do zbawczej śmierci na Kalwarii. Cykl obrazów ze zbiorów Muzeum Narodowego jest rzadkim przykładem zainteresowania się tematyką religijną na przełomie XIX i XX w.
W kaplicy św. Antoniego znajduje się także Spowiedź Vlastimila Hofmana, obraz namalowany przez niderlandzkiego artystę w 1906 r.
Dyrektor Ruszczyc wyraża zadowolenie, że obrazy z Muzeum Narodowego mogą znaleźć godne miejsce prezentacji, jakim jest kościół. Katedra warszawsko-praska jest drugą w stolicy świątynią, w której znajdują się dzieła malarskie wypożyczone z Muzeum Narodowego. Obrazy w ekspozycji stałej są także w kościele św. Brata Alberta na pl. Teatralnym. W katedrze św. Floriana będą one przebywały czasowo. Dzieła mają służyć lepszemu przeżywaniu przez wiernych wydarzeń w poszczególnych okresach roku liturgicznego.