Nieco odrębną historię ma czwarty rozdział dokumentu, który w całości jest poświęcony relacji Kościoła do Żydów i judaizmu. Od początku Soboru uważano, że jednym z jego zadań jest sformułowanie deklaracji o Żydach. Początkowo miał to być odrębny dokument, w którego wstępie miało się znaleźć krótkie odniesienie do innych religii. Pierwszy tekst został zredagowany na prośbę papieża Jana XXIII przez kardynała Bea z Komisji Sekretariatu do Spraw Jedności Chrześcijan. Tekst ten wyrażał skruchę Kościoła za grzechy popełnione przeciwko Żydom, miłość do nich jako starszych braci w wierze oraz chęć wprowadzenia zmian w nauczaniu o Żydach, zwłaszcza zmian w katechezie. Tekst ten miał zostać przedstawiony Soborowi, jednak zanim to się stało, został ogłoszony przez prasę i spotkał się z krytyką zarówno w Kościele, jak i poza nim. Projekt zaczęto poddawać przeróbkom i jego pierwotna wymowa została zagubiona. Aby ratować sytuację, kardynał Bea powołał komisję ekspertów. W jej skład weszło trzech teologów zaangażowanych w studia nad judaizmem: o. Gregoy Baum, ks. John Oesterreicher i o. Bruno Hussar OP. Ich zadaniem było stworzenie nowego projektu deklaracji i przekonanie do niego biskupów biorących udział w Soborze.
28 i 30 września 1964 r. odbyły się posiedzenia Soboru, na których uznano konieczność uchwalenia dokumentu. Eksperci przystąpili do redagowania jego kolejnej wersji. Wynik ich pracy został oceniony przez specjalistów z dziedziny biblistyki, prawa kanonicznego i łaciny, a następnie projekt przedstawiono komisji soborowej. Miało się rozstrzygnąć, czy projekt zostanie przedłożony na forum Soboru, czy też zostanie poddany następnemu opracowaniu. Wśród biskupów pojawiały się propozycje, by Deklarację włączyć do Konstytucji dogmatycznej o Kościele, a nawet na krótko dołączono ją do Dekretu o ekumenizmie. Sprzeciw wobec zaproponowanej treści Deklaracji zgłaszali biskupi arabscy, którzy obawiali się reakcji państw arabskich. W końcu projekt został przyjęty pod obrady Soboru. Deklaracja o Żydach została przyjęta przez Sobór 20 października 1965 r.
Włączono ją do Deklaracji Nostra aetate jako jej rozdział czwarty.
Powstanie Deklaracji o Żydach było podyktowane trzema względami. Po pierwsze jednym z postulatów Soboru był powrót do źródeł. Określając swoją tożsamość, Kościół dostrzegał swoje zakorzenienie w judaizmie. Po drugie Kościół musiał ustosunkować się wobec tragedii, która dotknęła Żydów podczas II wojny światowej. Aby uczynić to skutecznie, należało odnieść się do tradycyjnych oskarżeń od wieków kierowanych wobec Żydów przez chrześcijan. Klasycznym oskarżeniem, które od starożytności kierowano wobec Żydów, był zarzut bogobójstwa. Mimo że już Sobór Trydencki odrzucił to oskarżenie, jednak nadal było ono obecne w świadomości chrześcijan. Sobór odrzucił również tezę o odrzuceniu Żydów przez Boga. Według poglądu, który od czasów patrystycznych zakorzenił się w Kościele, Żydzi zostali przez Boga odrzuceni, ponieważ nie przyjęli Jezusa, nie uznając w Nim Mesjasza. W ekonomii zbawienia nowy Lud Boży, Kościół zajął miejsce odrzuconego Izraela. Wypędzenie z własnego kraju i rozproszenie Żydów wśród innych narodów miało potwierdzać tę naukę. Sobór Watykański II, odwołując się do św. Pawła, na którego często powoływali się chrześcijańscy zwolennicy antyjudaizmu, stwierdza, że „Żydzi nadal ze względu na swych przodków są bardzo drodzy Bogu, który nigdy nie żałuje darów i powołania”. Dzięki temu Sobór otworzył drogę dla katolickiej teologii judaizmu. Sobór kategorycznie stwierdził, że „chociaż Kościół jest nowym Ludem Bożym, nie należy przedstawiać Żydów jako odrzuconych ani jako przeklętych przez Boga, rzekomo na podstawie Pisma Świętego”. Ojcowie Soboru odrzucili w ten sposób naukę o zastąpieniu Izraela przez Kościół, pozostawiając teologom pole dla refleksji nad wzajemnymi relacjami między wspólnotą Kościoła i wyznawcami judaizmu i rolą każdej z tych wspólnot w Bożej ekonomii zbawienia. Pod koniec tego rozdziału został potępiony antysemityzm oraz wszelka dyskryminacja i prześladowania.
Deklaracja Nostra aetate otworzyła całkiem nowe perspektywy w relacji Kościoła do innych religii. Podstawą tych relacji jest dialog, otwarcie na istniejące w innych religiach wartości przy jednoczesnym zachowaniu swojej chrześcijańskiej tożsamości. Dzięki mądrości Soboru punktem wyjścia w dawaniu świadectwa chrześcijańskiego stał się szacunek, chęć poznania i otwarcie na dialog. Taka postawa stała się jednym z wyznaczników tożsamości chrześcijańskiej. Wobec swych niechrześcijańskich dzieci Bóg wymaga od nas, chrześcijan, otwartości umysłów i serc.
Jednym z najwspanialszych owoców nauczania soborowego jest pontyfikat Jana Pawła II. Jego nauczanie na temat judaizmu, wizyty w synagodze rzymskiej, pod Ścianą Płaczu, w Meczecie Umajjadów w Damaszku, Dni Modlitw o Pokój w Asyżu stanowią rozwinięcie i realizację nauczania soborowego. Dzięki nauczaniu Soboru, w którym brał udział młody kard. K. Wojtyła, Ojciec Święty Jan Paweł II mógł stać się bratem dla wyznawców innych religii.