O odnowionej, czystej i pięknej świątyni marzyli zarówno wierni, jak i proboszcz parafii - ks. prał. Edward Niedbach. W maju 1996 r. zapadła decyzja o remoncie kościoła. Prace rozpoczęto od usunięcia zniszczonych tynków na zewnątrz i wewnątrz, odwodnienia i osuszenia terenu, położenia nowych tynków, założenia instalacji elektrycznej i nagłośnienia. Położono dachówki, dzwonnica otrzymała nową więźbę dachową, została otynkowana i pomalowana. Wymalowany z zewnątrz został również cały kościół. Prace wykonywała firma z Krotoszyna pod kierownictwem Jerzego Cieplika.
W październiku 1997 r. rozpoczęły się prace archeologiczne w prezbiterium - najstarszej zachowanej części gotyckiej kościoła. W czasie prac natrafiono na fragmenty malowideł, wykonanych techniką mokrego fresku. Od czerwca 1998 r. do prac przystąpili konserwatorzy z Krakowa pod kierownictwem Wojciecha Fabiańskiego. Zajęli się odkrywaniem zabytkowej polichromii. Ich zdaniem, odkryte freski mogą pochodzić z XV w. W wyniku prac konserwatorskich po pewnym czasie na sklepieniu prezbiterium widoczne były błękitne gwiazdy i zdobienia z motywami roślinnymi. Królikowskie freski są, po malowidłach w Lądzie i Pyzdrach, najstarszymi tego typu odkryciami w rejonie konińskim.
Nadzór nad dalszymi pracami sprawowali konserwatorzy z Konina: Andrzej Nowak i Jolanta Oblizajek. W kościele zostało ustawione ogniotrwałe tabernakulum. W nawie głównej i kaplicach założono marmurową posadzkę, wymieniono okna, w prezbiterium i nawie głównej założono 12 witraży. W miejsce zniszczonych drewnianych drzwi założone zostały metalowe, kute. W kaplicy Miłosierdzia Bożego położony został nowy strop.
Przychodzi kolej na odnowienie polichromii w całym kościele i malowanie. Odnowione zostają ołtarze. Przy okazji odkryto dwa obrazy, przedstawiające św. Michała Archanioła oraz chrzest Pana Jezusa. Podobnie jak wiele innych obrazów i figur również stacje Drogi Krzyżowej i sygnaturka zostały odnowione przez konserwatorów z Jarosławia pod kierunkiem Mariusza Makowieckiego.
Dokonano też odnowienia i pozłocenia monstrancji i naczyń liturgicznych. Pełnię blasku odzyskał żyrandol, do którego dobrano 12 kinkietów. Postawiono soborowy ołtarz z marmuru i ambonkę. Wmurowano marmurową płytę upamiętniającą zakończenie renowacji świątyni w 25. rocznicę Pontyfikatu Papieża Jana Pawła II.
W uroczystość Chrystusa Króla, 23 listopada 2003 r., w parafii przebywał biskup włocławski Wiesław Mering. Pasterz diecezji dokonał konsekracji ołtarza, odsłonił pamiątkową tablicę i udzielił młodzieży sakramentu bierzmowania.
Piękno naszej świątyni nie byłoby odzyskane, gdyby nie postawa Księdza Proboszcza. Jego wewnętrzna siła i przekonanie o słuszności podjętego dzieła były drogowskazem dla parafian, dodawały wiary i nadziei na zakończenie jakże trudnego przedsięwzięcia. Nie bez przyczyny bp W. Mering w homilii podczas Mszy św. przytoczył słowa z Ewangelii św. Jana: „Gorliwość o dom Twój pochłonie Mnie” (J 2, 17).
Słowa uznania należy skierować również pod adresem całej wspólnoty parafialnej za jej ofiarność, pomoc, życzliwe zrozumienie i modlitewne wsparcie.