Ożywiona działalność sanktuarium ustała z wybuchem drugiej wojny światowej. W czasie działań wojennych klasztor nie ucierpiał wiele, stał się natomiast miejscem schronienia dla setek uciekinierów z różnych stron Polski. W następstwie wydarzeń wojennych i ustalenia granicy na Bugu, klasztor został odcięty od miasta, a ze względu na bliskość granicy i od świata. W 1941 r. stał się miejscem wypadowym dla sporej niemieckiej grupy szturmowej w ataku na Związek Radziecki. Gdy front się oddalił, sanktuarium mogło nadal prowadzić swoją działalność, oczywiście na miarę warunków wojennych. W momencie zbliżania się frontu w 1944 r. Niemcy urządzili tutaj szpital zakaźny, a zakonnicy na pewien czas opuścili klasztor. I tym razem kościół i klasztor niewiele zostały zniszczone. Przyszła natomiast gehenna na ludność polską, która była mordowana przez grasujące bandy ukraińskie UPA. W wyniku okrutnych mordów okolica całkowicie opustoszała, a sam klasztor stał się miejscem schronienia dla pozostałych. Również 5 marca 1945 r. został zamordowany o. Stanisław Mucha, jedyny kapłan w klasztorze. W następnych latach mieszkało w sanktuarium dwóch kapłanów bernardyńskich i jeden brat zakonny. W trudnych powojennych latach prowadzili oni tutaj duszpasterstwo parafialne.
W 1951 r. władze Związku Sowieckiego zadecydowały o tzw. wyrównaniu wschodniej granicy Polski, w wyniku czego klasztor sokalski znalazł się na terenie Ukraińskiej Republiki ZSRR. Klasztor w Sokalu, w ramach repatriacji, został opuszczony w październiku 1951 r., a wyposażenie kościoła i zakrystii zostało przewiezione do klasztoru w Leżajsku. Najcenniejszy skarb tego miejsca - cudowny obraz Matki Bożej Pocieszenia, został przewieziony do Krakowa i umieszczony w małej kapliczce przy kościele Ojców Bernardynów na Stradomiu pod Wawelem. Cenna biblioteka i bogate archiwum, ocalałe niegdyś w czasie pożarów, zostały teraz dołączone do zbiorów zakonnej prowincji również w Krakowie. Kościół i klasztor pozostały w nienaruszonym stanie i zostały zaadaptowane przez władze sowieckie na więzienie.
Z inicjatywy bp. Jana Śrutwy i prowincjała bernardyńskiego o. Romualda Kośli, 24 czerwca 2001 r. w Hrubieszowie odbyła się uroczysta erekcja klasztoru Ojców Bernardynów przy dotychczasowym kościele filialnym pw. św. Stanisława Kostki, a wszystko po to, aby przygotować godne miejsce dla cudownego wizerunku Pani Sokalskiej.
W dniach 7 i 8 września 2002 r., po długich duchowych i materialnych przygotowaniach, miała miejsce intronizacja obrazu Matki Bożej Pocieszenia Sokalskiej w stosunkowo niedaleko leżącym od Sokala Hrubieszowie.
Do Hrubieszowa Maryja w znaku Obrazu Sokalskiego przybyła, zatrzymując się po drodze w Tarnowie, Rzeszowie, Przeworsku i Zamościu. W sobotę, 7 września, Pani Sokalska została, gestem wręczenia kluczy do bram miasta, powitana przez władze samorządowe Hrubieszowa, a następnie została powitana przez księży dziekanów dekanatów hrubieszowskich i w uroczystej procesji pod przewodnictwem Księdza Biskupa Ordynariusza i Prowincjała Ojców Bernardynów, została ulicami miasta przeniesiona do swojego nowego domu - kościoła św. Stanisława Kostki na Skarpie nad Huczwą. Mieszkańcy Hrubieszowa cieszyli się, że ich oczekiwania zostały zakończone i z wielką radością witali swoją Matkę. Uroczystej Mszy św. intronizacyjnej przewodniczył Pasterz diecezji, który m.in. powiedział: „Otrzymaliście w tym Obrazie Matki Bożej niesłychanej wagi skarb. Nie można tego skarbu zakopać, nie można go zmarnować. Należy go pomnożyć, samemu skorzystać i przekazać następnym pokoleniom”. Zaś o. Prowincjał zakończył swoje słowo następującą modlitwą: „Matko Boża Sokolska! Prowadź nas na drogach trzeciego tysiąclecia wiary i nie opuszczaj w potrzebie. Matko Boża Sokalska - Módl się za nami”.
Dziś Matka Boża Sokalska na dobre już zadomowiła się w swym nowym, częściowo pięknie odnowionym sanktuarium i zaprasza wszystkich swych czcicieli do Hrubieszowa.