2 grudnia 1963 r. kard. Stefan Wyszyński został przyjęty na prywatnej audiencji przez papieża Pawła VI. Najważniejszą z poruszanych spraw było obsadzenie diecezji na Ziemiach Zachodnich polskimi biskupami. Dwa dni później uczestniczył w ostatnim posiedzeniu drugiej sesji Soboru, podczas której została ogłoszona treść Konstytucji o Liturgii.

Po powrocie do Polski, 7 grudnia, zapoznaje się z relacją bp. Zygmunta Choromańskiego o kolejnych represjach władz komunistycznych oraz podczas posiedzenia Rady Głównej Episkopatu Polski i w wygłaszanych kazaniach w warszawskich kościołach informuje o pracach II Soboru Watykańskiego.

Podczas nieobecności Księdza Prymasa rząd podjął działania mające na celu likwidację placówek kościelnych na Ziemiach Zachodnich, kaplic w szpitalach, a także poprzez wizytacje, wprowadzenie nadzoru nad seminariami duchownymi. Bp Choromański po niezbędnych uzgodnieniach z Prymasem Tysiąclecia wysłał w imieniu Episkopatu dwa listy protestacyjne. Pierwszy skierowany do ministra oświaty Wacława Tułodzieckiego w sprawie nadzoru władz państwowych nad seminariami. Problem dotyczył zakresu wizytacji. Zgodnie z pismem z 30 grudnia 1959 r. J. Sztachelskiego, pełnomocnika Rządu do Spraw Stosunków z Kościołem, nadzorem władz miały być objęte przedmioty świeckie, a wyłączone spod nadzoru sprawy teologiczne. Sekretarz Episkopatu powołując się na to pismo prosił Tułodzieckiego, aby podlegli mu wizytatorzy nie przekraczali swoich uprawnień i nie domagali się hospitowania przedmiotów czysto teologicznych.

Drugi list zaadresowany był do premiera Józefa Cyrankiewicza. Bp Choromański zwrócił się z prośbą o zmianę polityki wobec Kościoła w sprawie odmawiania zgody na powołanie nowych parafii i odbierania Kościołowi katolickiemu jego własności.

W Warszawie na nowo, za sprawą dziennikarzy, odżyła sprawa Opinii kolportowanej w Rzymie przez "Znak". Informacja o sposobie działania Stommy została źle przyjęta w kręgach katolickich, również wśród wielu działaczy "Znaku". Na spotkaniu koła poselskiego tego ugrupowania, 17 grudnia, postanowiono zatem przeprosić kard. Stefana Wyszyńskiego. Rolę mediatora powierzono Jerzemu Zawieyskiemu. Ksiądz Prymas przyjął go 20 grudnia. Zawieyski został przyjęty serdecznie i z przyjaźnią. Jednak kard. Wyszyński nie przyjął do wiadomości oświadczenia "Znaku", ponieważ uważał, że działania Stommy były nie lekkomyślnością, ale dywersją. Wykazał dobrą wolę i zgodził się przyjąć dziesięć dni później delegację prezentującego "Znak" Klubu Inteligencji Katolickiej. Również i tym razem działacze tego ugrupowania nie potrafili do końca odczytać, w czym kard. Wyszyński widzi największy ich błąd. Stąd ich skrucha nie mogła być przyjęta.

Stomma, mając świadomość, że swoimi działaniami bardzo osłabił pozycję "Znaku" w oczach Księdza Prymasa i polskich katolików, chciał podać się do dymisji ze wszystkich piastowanych urzędów. Działacze " Znaku" bojąc się konsekwencji, nie przyjęli tej dymisji, co było zresztą po myśli Prymasa Wyszyńskiego, któremu bardziej zależało na zmianie sposobu działania "Znaku" i KIK niż na głowach.

Pod koniec grudnia były też radośniejsze wydarzenia. Tuż przed Świętami Bożego Narodzenia władze państwowe dały do zrozumienia, że nie będą sprzeciwiać się nominacjom: bp. Karola Wojtyły na metropolitę krakowskiego, bp. Stefana Bareły na ordynariusza w Częstochowie i bp. Bogdana Sikorskiego na ordynariusza w Płocku. Efekt? 30 grudnia Prymas Polski otrzymał ze Stolicy Apostolskiej wiadomość o nominacji dla bp. Wojtyły.