Po blisko 130 latach od konsekracji dokonanej przez bp. Macieja Drzewickiego w roku 1512 farę krośnieńską dotknęła kolejna już katastrofa. Pożar miasta, który 11 września 1638 r. strawił część starej zabudowy Krosna wewnątrz murów obronnych, dotarł do dachu świątyni. Zapadające się murowane szczyty i płonące ciężkie wiązania dachowe zerwały ceglany strop nawy głównej, niszcząc wnętrze. Uratowało się natomiast prezbiterium wraz z wyposażeniem. Pożar zniszczył w mieście także kościół Jezuitów. Ocalał kościół Franciszkanów oraz świątynie znajdujące się poza murami miejskimi (św. Wojciecha, św. Jakuba, szpitalny kościół Ducha Świętego). Zaraz po pożarze przystąpiono do odbudowy świątyni, by jak najszybciej przywrócić ją do użytku sakralnego. Odbudowa prowadzona była przy znacznym wsparciu parafian i różnych dobrodziejów (w tym zwłaszcza ówczesnego prepozyta ks. Kaspra Rożyńskiego i pochodzącego ze Szkocji miejscowego kupca Wojciecha Porcjusza), pod kierownictwem ks. Szymona Nowakowicza, seniora Kolegium mansjonarzy krośnieńskich. W związku z tym, że zniszczenia dotknęły jedynie część kościoła farnego, nie była potrzebna jego ponowna konsekracja, a jedynie rekoncyliacja. Dokonał tego aktu bp Paweł Piasecki (1644-49), który przybył do Krosna w związku z rozpoczęciem wizytacji kanonicznej diecezji. Został on uroczyście przywitany w sobotę 3 listopada 1646 r. u bram miasta przez magistrat Krosna i mieszkańców grodu, a następnie wprowadzony w jego mury. Zapewne zatrzymał się na kilka dni w murowanym dworze biskupów, pozostającym jeszcze wówczas we władaniu kapituły przemyskiej. Następnego dnia, w niedzielę 4 listopada przybył do kościoła parafialnego. Tu, ubrany w szaty pontyfikalne, podczas Mszy św. dokonał, zgodnie z Pontyfikałem Rzymskim, rekoncyliacji tych części kościoła, które tego wymagały (zniszczone przez pożar). Kolejnego dnia, w poniedziałek 5 listopada, biskup poświęcił kaplicę Świętych Apostołów Piotra i Pawła, wzniesioną od fundamentów przy południowej ścianie kościoła i wspaniale wyposażoną przez wspomnianego już Roberta Porcjusza. Natomiast ołtarz znajdujący się w kaplicy konsekrował, umieszczając w nim relikwie św. Justyna Męczennika oraz innych męczenników. Jeszcze tego samego dnia bp Piasecki konsekrował ołtarz św. Anny znajdujący się w kaplicy przy północnej ścianie świątyni. W tym ołtarzu umieścił z kolei relikwie świętych: Hieronima Kapłana, Grzegorza, Bernarda i Czterech Koronowanych Męczenników.

Rekoncyliacja dokonana w roku 1646 przez bp. Pawła Piaseckiego była już ostatnią w dziejach tej prastarej szacownej świątyni krośnieńskiej. Wprawdzie w następnych stuleciach fara była jeszcze kilkakrotnie restaurowana, ale nie było już potrzeby przeprowadzenia nowej konsekracji. Jedna z takich większych renowacji miała miejsce w latach 1899-1910 i była prowadzona pod kierownictwem architekta T. Stryjeńskiego i inżyniera W. Sikorskiego. Polichromię w prezbiterium wykonał artysta malarz Franciszek Daniszewski, natomiast w nawach malarz Stanisław Bergman. Kolejne renowacje miały miejsce juz po II wojnie światowej, a zakończone zostały w ostatnim czasie za obecnego proboszcza ks. Karola Brysia, prałata kapituły krośnieńskiej.

Fara krośnieńska, która już od blisko 650 lat służy potrzebom religijnym wiernych, 20 stycznia 1998 r. ogłoszona została przez bł. papieża Jana Pawła II Bazyliką Mniejszą. Natomiast abp Józef Michalik dokumentem wystawionym w Przemyślu w Wielki Czwartek 2005 r. (23 marca 2005) erygował przy świątyni Kapitułę kolegiacką złożoną z 12 kanonii gremialnych i 12 kanonii honorowych.